Une nouvelle étude décrit une partie de la protéine spike du coronavirus partagée par tous les variants, ce qui la rend vulnérable aux nouveaux anticorps ciblant cette région.

Une nouvelle étude publiée dans Nature Communications a mis en évidence une partie de la protéine spike du SRAS-CoV-2 qui semble être partagée par tous les variants connus. La recherche révèle également un fragment d’anticorps qui peut hypothétiquement empêcher le virus de pénétrer dans les cellules humaines, ouvrant la voie à de futures thérapies visant à neutraliser tous les variants du COVID-19.

Cette nouvelle étude constitue l’une des recherches les plus approfondies à ce jour sur les différences de protéines spike entre un certain nombre de variantes du SRAS-CoV-2. À l’aide de la microscopie cryo-électronique, l’étude s’est intéressée aux protéines spike des variantes Alpha, Beta, Gamma, Delta, Kappa, Epsilon et Omicron (BA.1 et BA.2).

Les chercheurs ont découvert qu’une certaine partie de la protéine spike est conservée dans toutes ces variantes. Cette partie, baptisée épitope, est vulnérable à de nouveaux anticorps qui pourraient bloquer la capacité du virus à infecter les cellules humaines.

« L’épitope que nous décrivons dans cet article est en grande partie éloigné des points chauds des mutations, ce qui explique pourquoi ses capacités sont préservées entre les variantes », explique Sriram Subramaniam. « Maintenant que nous avons décrit la structure de ce site en détail, cela ouvre un tout nouveau domaine de possibilités de traitement. »

Les anticorps agissent pour bloquer l’infection en s’adaptant à ces épitopes sur la protéine spike virale et en interrompant la façon dont le virus se verrouillerait sur les cellules humaines. La nouvelle recherche décrit le développement d’un fragment d’anticorps, appelé VH Ab6, qui peut se fixer sur cet épitope présent dans toutes les variantes actuelles du SRAS-CoV-2.

« Les anticorps s’attachent à un virus d’une manière très spécifique, comme une clé qui entre dans une serrure. Mais lorsque le virus mute, la clé ne convient plus », a déclaré Sriram Subramaniam. « Nous avons cherché des clés maîtresses – des anticorps qui continuent à neutraliser le virus même après des mutations importantes. »

À ce stade, la recherche est encore spéculative. Le fragment d’anticorps présenté dans l’étude est davantage là pour démontrer l’efficacité générale que pourrait avoir le ciblage de cette partie particulière de la protéine spike pour neutraliser tous les variants connus.

Jusqu’à présent, il y a eu peu de mouvements mutationnels dans la partie de la protéine spike mise en évidence dans cette étude. Les chercheurs suggèrent que les futures thérapies contre le COVID-19 devraient cibler cet épitope spécifique dans l’espoir de développer des traitements par anticorps capables de neutraliser tous les variants du virus.

Ces nouveaux résultats sont validés par une autre étude récente qui met en évidence un anticorps candidat qui, jusqu’à présent, dans les études animales, peut neutraliser tous les variants actuels du SRAS-CoV-2. Cette étude, publiée dans Science Immunology, a été réalisée par une équipe de chercheurs de la Harvard Medical School et du Boston Children’s Hospital.

Après avoir modifié génétiquement des souris pour qu’elles produisent des réponses immunitaires de type humain au SRAS-CoV-2, les chercheurs ont exposé les animaux à des parties du virus et ont relevé neuf groupes différents d’anticorps. Un anticorps spécifique, baptisé SP1-77, s’est révélé incroyablement puissant pour bloquer l’infection par toutes les variantes connues du SRAS-CoV-2. Et il n’est pas difficile de deviner quelle partie de la protéine spike cet anticorps anti-variante cible.

« Nous avons maintenant une image très claire de ce point vulnérable du virus », a déclaré Sriram Subramaniam. « Nous connaissons toutes les interactions entre la protéine spike et l’anticorps à cet endroit. Nous pouvons travailler à rebours à partir de cela, en utilisant la conception intelligente, pour développer une série de traitements par anticorps. Disposer de traitements largement efficaces et résistants aux variantes serait un changement de donne dans la lutte actuelle contre le COVID-19. »

https://www.nature.com/articles/s41467-022-32262-8
https://news.ubc.ca/2022/08/18/ubc-researchers-discover-weak-spot-across-major-covid-19-variants/